反流性食管炎的治疗以质子泵抑制剂为主，如奥美拉唑、埃索美拉唑等，轻症患者一般口服药物4周左右，重症患者口服药物8周，必要时可以采取双倍剂量口服。若因贲门括约肌松弛，或食管裂孔疝所致的下食管括约肌解剖异常所引起者，服药时间相对延长，甚至终身服药，停药会导致反流症状持续甚至加重，出现反流性食管炎的合并症，如食管癌、巴雷特食管的发生。但临床并不建议终身或长期口服PPI制剂，必要时可以考虑手术治疗。