原发性脑内囊肿常见的是蛛网膜囊肿，蛛网膜囊肿往往是因为在先天发育的过程中，局部蛛网膜下腔脑脊液循环出现部分循环不通，引起脑脊液在局部潴留、蓄积导致囊肿。实际上囊肿里面的成分就是脑脊液，而且是正常的脑脊液。一些继发囊肿，如肿瘤继发往往是肿瘤结节，自身带有一定的分泌性，可能会分泌液体出来，逐渐被包裹以后，随着分泌液体逐渐增多而出现囊肿逐渐扩大。有一些寄生虫也会产生分泌物液体，液体因为炎性刺激以后产生包裹，导致囊肿逐渐增大。