病毒性脑炎其中一类为单纯疱疹病毒性脑炎，其后遗症取决于治疗是否及时与疾病严重程度。本病未经抗病毒治疗，或者治疗不及时、不充分，以及患者因病情严重而预后不良，死亡率高达60%-80%。发病数天内，及时使用足量抗病毒药物治疗后，多数患者可治愈，大约10%的患者可留下不同程度的精神智力障碍、癫痫、瘫痪后遗症。第二类为肠道病毒感染的病毒性脑炎，如柯萨奇病毒，此种为良性感染性疾病，积极治疗多无后遗症，预后较好。