病毒性脑炎后遗症取决于损伤的部位和致病病毒的种类。侵犯大脑会出现大脑损伤的后遗症，侵犯小脑会出现小脑损伤的后遗症，比如走路不稳，侵犯脑干，如脑干脑炎就是因为脑干损伤的后遗症，症状相对较重，可能会损伤呼吸、循环、意识、体温等。大脑结构错综复杂，一个微小部位受到影响可能就有2-3种表现。如侵犯基底节时，会出现口眼歪斜、肢体偏瘫，侵犯顶叶可能会引起单侧上肢或者下肢的偏瘫，侵犯额叶可能会造成麻木感。