卵巢在输卵管下方两侧各有一个，卵巢囊肿有生理性和病理性之分。生理性囊肿可能是滤泡囊肿或黄体期囊肿，随女性体内激素水平的调节而不断变化。在月经干净后，囊肿会逐渐消失，通常无需手术。 若为病理性囊肿，如卵巢巧克力囊肿指子宫内膜异位卵巢囊肿。因子宫内膜异位到卵巢，会如月经来潮一样每个月有出血，可导致卵巢囊肿不断增大。通常情况下临床以5cm作为边界，若卵巢囊肿＞5cm，应采取手术治疗。 若患者卵巢囊肿的性质是病理性，甚至是恶性肿瘤，要根据疾病分期及早做手术治疗。另外，有一些卵巢囊肿可能影响到其它功能，如出现炎性囊肿后，输卵管和卵巢因有炎性形成包裹，会影响女性怀孕。因卵巢具有排卵功能，输卵管有拾卵功能，若有炎性组织纤维带把输卵管和卵巢包裹住，排卵和拾卵的功能会受到影响，继而影响怀孕，这种情况通常需手术治疗。