生殖道衣原体的感染主要是和淋病以及其它的生殖支原体进行鉴别，对于女性而言，因为沙眼衣原体感染并没有特别的症状，所以鉴别主要是进行病原体的检测。同时进行沙眼衣原体、淋病，甚至是支原体的检测，可以通过病原学的诊断进行鉴别，然后再进行对症处理。 对于男性的生殖道沙眼衣原体感染，70%的患者其实没有明显的临床症状，30%左右的患者会出现尿道的浆液性分泌物，或者是伴有尿道刺痒的感觉，为症状上的区别。但如果和生殖道其它病原菌进行鉴别，主要还是依靠实验室的检测结果才能够进行完全的鉴别。