半夜三点常醒来的原因可见以下几点：1、临床疾病：此时间段胆经较为旺盛，出现醒来睡不着的情况，并伴随口苦咽干、胁肋部烧灼痛、口中黏腻不欲、食欲差等症状时，考虑是胆囊疾病，如胆囊炎、黄疸、胆结石等，建议到普外科会诊；2、神经衰弱或者植物神经功能紊乱：由于工作生活压力过大，精神处于紧绷、紧张状态，出现神经衰弱或者植物神经紊乱，表现为半夜3点醒来；3、睡眠不规律：经常熬夜的人，由于生物时钟紊乱、睡眠不规律，也会出现此现象；4、其他：甲状腺疾病、颅脑疾病、肿瘤疾病，会在半夜3点多醒来。