女性肚脐眼疼痛的原因如下：1、脐炎：一般表现为肚脐部位红肿、疼痛，部分患者表现为肚脐有分泌物，这种情况下要高度怀疑脐炎的发生。肚脐的特殊位置容易出现细菌积聚、潮湿，不易干燥，进而容易发生感染，一旦出现脐炎，建议到医院进行明确诊断，对脐部进行彻底清理，否则脐炎愈合比较慢，感染不容易清除。另外脐部还可以敷消炎软膏，比如常用的红霉素、金霉素软膏，达到促进脐炎愈合的目的；2、脐疝：肚脐是腹壁相对薄弱的位置，当体重增加造成肥胖或者怀孕期间腹压升高的时候，容易导致薄弱的脐部进一步裂开，形成脐疝。脐疝就是肚脐没有肌肉的覆盖，在这种情况下腹腔内的脏器，比如脂肪或者肠管，容易从肚脐疝出，造成疼痛。