半夜头痛的原因一般是吹风、受凉引起的神经痛，如果半夜头痛比较严重，一般要考虑是不是器质性疾病造成，器质性疾病一般跟脑子疾病有关系，具体原因如下：1、脑出血：夜间突然血管破裂造成脑出血，也会出现半夜头痛症状，这种比较严重，会出现头痛伴恶心、呕吐等高颅压的症状；2、颅内感染：也会出现头痛的症状，到了晚上加重，因此主要需要排除大脑内的器质性问题；3、脑炎、脑肿瘤、脑积水：都会造成半夜头痛的症状，因此先要排除中枢神经的问题；4、病毒感染：如果头痛是针刺样，可能是因为病毒感染引起的神经痛，这种头痛一般与半夜睡眠不足，或者睡不着觉免疫力下降引起的病毒感染有关，予以抗病毒治疗即可；5、其他原因：有些睡眠质量欠佳的人也会出现半夜偏头痛发作，也与疲劳免疫力下降有关系，以及情绪波动、女性生理期等有关，也会出现半夜头痛。