患者睡醒之后头疼，原因有很多，具体如下：1、睡眠不好：睡眠质量差、不解乏，大脑没有得到很好的休息，醒了以后头疼；2、情绪性疾病：患有焦虑、抑郁等疾病，导致睡眠质量差、睡眠时间短，没有恢复疲劳，也会引起头疼；3、脑部病变：脑部缺血、缺氧，醒来以后也会出现头疼；4、其它：脑动脉硬化、高血压、贫血、心脏病、重要的脏器受损等，这些病变可能在睡眠的时候症状加重，醒了以后会出现头疼。此类患者需要及时就诊，查明原因，进行必要的检查，包括影像学检查、B超检查、化验室检查、全身检查等，在确诊以后进行对因治疗。而在没有确诊之前，没有制定针对性治疗方案之前，不可自行应用止痛药，否则治疗效果不好、有副作用，同时会掩盖病情。虽然头疼可能会临时得到缓解，但是会影响正确的判断，并且影响治疗方案的制定。