功能性消化不良的恢复时间不能一概而论，功能性消化不良的特点是容易反复，病程持续时间比较长，有时轻时重的表现。有些病人病程比较长时会合并有焦虑、抑郁等情绪的改变，尤其是合并有严重情绪改变的病人，病程可能会持续几年，甚至十年、几十年。但是如果病人能够在早期得到及时有效地治疗，可能在2-4周内便会恢复。如果功能性消化不良拖的时间比较久，症状逐渐加重后再治疗，相对会比较困难。对于消化不良的治疗，病人可以用促动力药或助消化的药物，如果功能性消化不良长期不能恢复，持续1年以上，可以考虑可以用调节情绪的药物，进行抗焦虑、抗抑郁的治疗。