胃间质瘤往往表现为黏膜外病变、黏膜外肿块。如果黏膜没有受累，黏膜往往光滑。在胃镜上可以看到黏膜外向胃腔内隆起性包块；而通过CT可以看到胃壁上明显肿块，并且有明显强化，属于胃间质瘤与胃癌十分重要的区别。 如果术前进行胃镜检查，则可以取到病理，能够判断到底是胃癌还是胃间质瘤；在术前还可以通过超声内镜下明确病变大小、判断性质，必要的时候可以在超声内镜引导下进行穿刺，从而明确诊断。