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红霉素软膏属于外用的抗菌药物软膏剂，安全性较好，严重不良反应少见，在妊娠分级中属于B级，即在动物实验未发现对胎儿有损害，但未在人体中证实。还可引起过敏症状，发生率为0.5%，表现为瘙痒、荨麻疹等。严重的过敏反应也可能发生，包括史蒂文斯-约翰逊综合征以及中毒性表皮坏死松解症。红霉素软膏虽然属于局部用药，没有口服制剂及注射制剂常见的消化道反应。但长期大面积使用，也会因为吸收大量的红霉素进入血液，引起口服或注射制剂的不良反应，如：恶心呕吐等消化道反应、肝功能损害、可逆性神经性耳聋等。
由于抗菌药物的滥用，红霉素的耐药率特别高，对于葡萄球菌属的总体耐药率达到78.11%，对于肺炎链球菌的耐药率接近100%。因此，不能长期使用，也不能频繁的用于皮肤及软组织感染，否则会引起皮肤正常细菌耐药，导致治疗失败。
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