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核磁共振的检查范围比较广，主要用于中枢神经系统疾病的辅助检查，比如脑和脊髓疾病的检查。在脑干、小脑等后颅窝部位病变以及脊髓和椎间盘等软组织方面的疾病，较CT有明显的优势。
核磁共振还可以无创性的进行磁共振脑静脉成像和脑动脉成像。在骨关节方面，核共磁可以观察到半月板以及前后交叉韧带有无损伤，相对于CT而言有着明显的优势。
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