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核磁共振作为一个重要的辅助检查，对于明确疾病的诊断有重要的帮助，和头颅CT相比较，头部的核磁共振观察脑梗病灶会更清晰，适合于观察腔隙性梗塞的病变，以及脑干小脑的病变。
其中核磁弥散成像，能将新发的脑梗显示出来。磁共振的脑血管成像是利用流空效应的原理，能够发现脑动脉硬化狭窄。另外，核磁共振对椎间盘突出尚有重要的应用价值。
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