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虽然胸部CT和气管镜(纤维支气管镜)，都是对肺部疾病诊断和鉴别诊断常用的方法，但是两者的侧重点完全不同。胸部CT发现的异常，仅仅是胸部疾病在胸部X线上的表现，胸部CT发现的异常病灶，它的性质、病因通常需要细胞学和组织学的病理才能得到进一步的明确。纤维支气管镜可以通过气管、支气管、叶支气管、段支气管直接的肉眼观察，发现气管内、支气管内的形态学的改变。如果发现异常直接做活检、刷检，获得病理学的诊断依据，可以进一步地为胸部CT发现的异常病灶定性、定病因，获得病理学的诊断依据。
同时，纤维支气管镜还可以进一步地观察到气管、支气管内膜的改变。有些病灶是管内性的，通过纤维支气管镜可以获得细胞学和组织学的病理标本。但是，如果是管外性的，通常通过纤维支气管镜只能看到间接的被压迫的一些症状。即便得不到细胞学和组织学的病理依据，通过管内形态学的观察，也可以进一步地分辨胸部CT发现的异常病灶，对气管、支气管侵犯的严重程度。
很多疾病胸部CT发现异常，还要通过纤维支气管镜进一步去观察、比较肺部病灶它所侵犯的严重程度。尤其是获得细胞学、组织学的病理依据，是做纤维支气管镜临床最常用的指征。
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