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肠镜的检查有一定的禁忌证，以下人群不适合进行肠镜检查。
第1，大肠急性炎症病变，如暴发性溃疡性结肠炎，急性憩室炎。
第2，腹腔盆腔手术后的早期，怀疑有穿孔肠瘘，或者广泛腹腔粘连的患者。
第3，腹腔盆腔放射治疗以后，有腹腔广泛粘连的患者。
第4，严重心肺功能不全，极度衰弱不能支持术前准备的患者。
第5，肠道准备得不好，肠道不够清洁影响视野，影响观察以及插入。
第6，对于不合作的患者也不能进行肠镜检查。上述的禁忌证主要是影响结肠镜插入和观察，检查时还容易引起出血穿孔等并发症。
但是近年来随着器械的性能改进，技术操作的提高，在小心谨慎操作的情况下，某些禁忌证如果权衡利弊根据病情需要也可以进行肠镜的检查，相反，某些适应证如果操作很粗暴仍然可能会引起各种并发症。
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