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小肠间质瘤目前来说并不是绝症，因为胃肠间质瘤主要是来源于胃肠道间叶性的肿瘤，其实目前的治疗模式，已经告别了单纯性的手术，取而代之是一种综合性的治疗模式的MDT原则。很多情况下，局限性的小肠间质瘤是以外科治疗为主，并且是以治愈为目标，如果不能手术，或者术后复发，病人可以选择靶向治疗，特别是伊马替尼的出现，目前已经成为进展期胃肠道间质瘤的一线治疗方案。伊马替尼治疗胃肠道间质瘤的客观反映率能达到65%，总体获愈率能够接近90%，绝大多数的病人耐受良好。
目前小肠间质瘤并不能称之为绝症，很多病人在接受了靶向治疗以后，能够活相当长的一段时间。就算是出现了复发转移性的胃肠间质瘤，比如在接受了伊马替尼治疗以后，出现了疾病的进展，或者不能耐受，出现相关副反应，仍然有二线、三线，甚至四线的治疗药物，包括舒尼替尼、瑞派替尼等，这些药物在临床上疗效有可观性。
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