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反流性食管炎的药物包括抑酸药，抗酸药，促进动力药以及黏膜保护药。
抗酸药多为碱性药物，可以中和胃酸，包括碳酸氢钠、氢氧化铝、碳酸钙等药物。
抑酸药可以抑制胃酸分泌，主要包括质子泵抑制剂和H2受体拮抗剂。质子泵抑制剂目前常用的有五种，包括奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑或者埃索美拉唑，H2受体拮抗剂包括西米替丁、雷尼替丁、法莫替丁等药物。
促动力药可以增加下食管括约肌的压力，促进食管的蠕动以及胃排空。包括胃复安、多潘立酮、莫沙必利、伊托必利等药物。
胃黏膜保护药可以保护黏膜免受胃酸，胃蛋白酶以及胆汁的刺激，包括硫糖铝、磷酸铝、铝碳酸镁等药物。其中抑制胃酸的药物治疗是治疗反流性食管炎的主要手段，其中质子泵抑制剂的效果要优于H2受体拮抗剂。
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