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电子胃肠镜检查，根据个体差异不同，患者会有不同的不适症状。进行普通的电子胃镜，要经口进胃管，当经过人体口腔的咽喉部时会有咽喉反射，出现恶心、干呕，对于胃管有抵触。在进行检查时由于胃管的进出，以及牵拉刺激还会有轻度的恶心症状。也有一部分患者在检查的过程中，没有明显的不适症状。如果进行普通的电子肠镜检查，肠管在肠道推进的过程中，会有轻度的腹痛，如果粪便排泄得不是很完全，还要注入生理盐水以廓清肠道的视野，也会造成腹胀等不适症状。
但如果做无痛的电子胃肠镜，检查的过程中患者处于浅睡眠状态，没有明显的不适症状。但检查前要先进行感染四项，心电图，以及心脏彩超等检查，评估患者的心肺功能。如果心肺功能比较差，还要请专业的医生，以及麻醉师共同探讨，必要时改做腹部CT或者X线钡剂造影。在进行麻醉的患者还要由家人陪护，防止晕倒等风险。
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