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肠易激综合征发生的病因并不是十分清楚，与下列因素有关：
第一、胃肠道动力紊乱：部分腹泻型的肠易激综合征，表现为胃肠通过时间缩短，结肠收缩增强等肠道动力亢进，而部分便秘型的患者，可能存在肠道动力不足的表现。
第二、内脏高敏感性：是肠易激综合征的核心发病机制，是重要的病因和病理生理特征，对于较小的刺激有放大反应，并且会伴有皮肤感觉过敏。
第三、遗传易感性：与遗传有一定的关系。
第四：脑肠轴调节异常。
第五、肠道感染与免疫因素：如弯曲菌和沙门菌感染会引起急性胃肠炎等，会出现肠易激综合征的表现。
第六、肠道微生态的失衡：部分腹泻型的患者乳酸菌和双歧杆菌的数量明显减少。
第七、精神心理障碍：精神因素和负性的生活事件也会诱发肠易激综合征。
第八、不良的生活饮食习惯。
第九、肠道通透性增强。
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