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食道霉菌感染也叫食道真菌感染，治疗基于去除易感因素和病因治疗两大方面。去除易感因素非常重要，食道的真菌感染易感因素比较多，包括营养不良、年迈、药物因素、良性基础疾病、恶性肿瘤，以及免疫功能低下等多方面。
营养不良大多可以纠正，部分药物也可以停用或者改用，良性基础疾病可积极进行治疗。但是对于年迈不能换用或停用的药物，以及大部分恶性肿瘤、艾滋病感染等目前无法去除，要进一步对症进行病因治疗，消除感染。目前常用的有三类药物：
1、吸收较少的局部抗真菌药物：如制霉菌素片、克霉唑，以及口服两性霉素B。
2、口服可吸收的药物：如氟康唑、伊曲康唑、伏立康唑等。
大多数免疫损害比较轻的念珠菌性食管炎患者，通过口服氟康唑，或者局部应用抗真菌药就可以达到缓解。
对于中度免疫损害的CD4细胞计数比较低的艾滋病患者，比轻微者感染更重，损害更深，要进一步使用更强的药物治疗，通常给予氟康唑静脉输入。对于有粒细胞减少的患者，要给予两性霉素B静脉输入，因为这些患者有造成播散性真菌病的危险性。
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