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间叶源性的肿瘤称之为肉瘤，目前的病因并不是十分明确，可能与遗传因素、环境因素、放射辐射、病毒感染以及免疫缺陷等都有相关性。比如化学的致瘤物质当中石棉是一种最主要的致瘤剂，如矿工或者是工人长期吸入石棉粉末的话会导致肺纤维化，引起胸膜间皮瘤。
另外，放射辐射也可能会导致骨肉瘤，以及脉管肉瘤的发生。致瘤病毒当中大多数的卡波西肉瘤当中就含有人类的疱疹病毒8型，EB病毒也可能会导致相关的平滑肌肉瘤，在正常情况下机体的免疫系统如果出现了低下和抑制的话，机体内相关的肿瘤细胞会不断地增殖，也会产生恶性肿瘤的可能。
另外，还有遗传因素，比如软组织的肿瘤具有家族性和遗传性，比如多发性的脂肪瘤，盆腔和肠系膜的纤维瘤等。总之，间叶源性的肿瘤是一个多因素共同诱导的结果。
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