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检查都是阴性，但是肺结核，可能是检查方法不正确、检查结果不准确。肺结核的诊断以病原学为主，主要包括细菌学和分子生物学检查为主，结合流行病学史，临床表现胸部影像相关的辅助检查及鉴别诊断等进行综合分析，作出诊断。
目前检测肺结核的手段包括痰的涂片、培养灌洗液的涂片培养，以及核酸检测等，还可以进行经皮肺穿刺活检。
病原学阴性的原因包括标本量少，低于检测下限，病灶远离气管支气管或阻塞不排菌，或者是局部形成完整包膜结核球。
不同的诊断方法阳性率也有检查极限，一般传统的诊断方法细菌学涂片来看，每毫升的标本中达到5000-10000个细菌，才能检查得出来，培养是每毫升标本中10-100个细菌。分子生物学是每毫升标本标注100个细菌才能检测出来。
所以病原学阴性就是没有检测到细菌，但病原学阴性结核病如何诊断，主要是要结合流行病学史、临床表现、影像学表现、支气管镜等，同时还要排除其他疾病，才可以诊断。
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