乙型脑炎发病初期如能及时进行治疗，多数患者恢复情况较好，很少遗留后遗症。部分患者因病毒侵犯脑组织范围较大、病情严重，可有后遗症，常见后遗症为痴呆、癫痫发作、肢体活动障碍、言语障碍、流涎等。通过针灸、运动锻炼、中药等方法，可积极改善症状，减少后遗症的发生及程度。常见并发症为意识障碍、昏迷，如合并肺部感染，易引起中枢性呼吸功能衰竭。