乙脑后遗症与病情轻重程度有关，大部分轻度乙脑患者预后较好，脑损伤较严重的患者治愈后，会出现严重并发症，最常见为偏瘫，即失语；严重患者出现神经系统功能障碍，如尿潴留或其他并发症。部分轻度后遗症患者，3个月内可逐渐恢复，但10%患者后遗症将形成永久性并发症，出现终生残疾。乙脑又称为大脑炎，大脑炎后遗症会出现严重的痴呆、终身瘫痪等。