艾滋病阻断药的副作用大小因人而异，取决于个人的个体差异以及药物的种类。
艾滋病阻断药通常需要不同作用机制的多种药物组合，各种药物的副作用及大小也有所不同。例如，齐多夫定可能会引起胃肠道不适和严重的贫血或中性粒细胞减少症，拉米夫定容易引起头痛、恶心、腹泻等不适，替诺福韦可能会对肾脏产生毒性，还可能引起酸中毒或肝脂肪变性，依非韦伦可能会对肝脏产生损害，容易引起皮疹、头晕失眠、头痛等副作用。
总体而言，艾滋病阻断药的副作用相对较小，不会对生命造成严重威胁。如果出现可能感染艾滋病的高危情况，及时服用阻断药物是必要的。
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