阴茎上长的小疙瘩可能是多种原因导致的，包括生殖器疱疹、包皮龟头炎、梅毒等。不同原因导致的小疙瘩需要使用不同的药物治疗。
1. 生殖器疱疹：通常是由于性生活不洁或接触到感染者的分泌物等原因引起，症状表现为生殖器或肛门处出现单个或多个小水疱，并伴有疼痛、瘙痒等。患者可以遵医嘱使用阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦片等药物进行治疗。
2. 包皮龟头炎：通常是由于包皮过长、免疫功能低下等原因引起，症状表现为包皮龟头处红肿、溃疡、瘙痒等。患者可以遵医嘱使用倍他米松乳膏、红霉素软膏等药物进行治疗。
3. 梅毒：通常是由于性接触或母婴传播等原因引起，症状表现为阴茎、龟头等部位出现红斑、溃疡等。患者可以遵医嘱使用苄星青霉素、普鲁卡因青霉素等药物进行治疗。
总之，阴茎上长小疙瘩的原因可能有很多，不同的原因需要使用不同的药物治疗。患者应在医生的指导下进行治疗，并保持良好的个人卫生习惯，避免间接接触和感染。
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