病毒疣是常见的HPV感染性皮肤病。据统计，人群中病毒疣发生率为0.84％-12.9％。生殖器疣（尖锐湿疣）也较常见，归为性传播疾病，治疗有一定特殊性，限于篇幅，在此不讨论。
目前无治愈HPV感染的特异性抗病毒疗法。现有治疗方法主要为破坏和清除可见病灶，或诱发针对感染细胞的细胞毒效应。由于疣本身是一种良性、自限性疾病，有数据显示，约2/3病毒疣患者2年内可自发消退，因此治疗本身不应引起瘢痕。
要达到完整而永久性清除病毒疣的治疗目标，可谓难难难，在此略作总结。
下文主要参考了 Evidence-Based Dermatology （3rd Edition） 中治疗病毒疣的循证医学证据，要点叙述如下——
水杨酸，或含水杨酸的外用制剂
为一线治疗方案。水杨酸有角质溶解作用，可减少皮损厚度，且可能激发炎症反应而起治疗作用。
五项随机、安慰剂对照试验显示，水杨酸治愈率73％，显着高于安慰剂的48％。而三项水杨酸与冷冻治疗的RCT显示，两组治愈率分别为60％、70％，无显着差异。同时，外用水杨酸通常无明显有害作用。
综合评估，认为水杨酸治疗病毒疣有一定疗效。
液氮冷冻治疗
为一线治疗方案。通过冷冻损伤起作用。
治疗寻常疣的清除率达50％-70％不等，然而，约20％-30％的寻常疣会复发。副作用也常见，主要为疼痛、水疱形成。另外需要指出，液氮冷冻虽然常用，但高质量的RCT不多见。
除了与水杨酸对比的三项，另外还有两项小型RCT，结果显示治愈率仅为35％，与对照组（未治疗或安慰剂）的34％无显着差异。三项RCT显示，不同冷冻间歇期（2周、3周、4周）的治愈率无显着差异，不过短的间歇通常会更快治愈。
5-氟尿嘧啶
有三项RCT，其中一项与液氮冷冻比较，治愈率分别为58.57％、65.29％，无显着差异。另外一项与安慰剂比较，治愈率分别为60％、17％，治愈率显着高于后者，但研究中失访率很高，结果可靠性不大。另有一项研究是5-氟尿嘧啶联合强力胶带，与强力胶带比较，治愈率分别为95％、10％，治愈率显着高于后者。
温热疗法
两项RCT显示，温热疗法治愈率分别达53.57％、86％，显着高于安慰剂，热疗参数分别为50℃ 30min、44℃ 30min。
光动力疗法
光动力疗法（PDT）治疗方案不一，治愈率不等（RCT报道数据有：8％、37.5％、48.6％、89.3％），很难给出明确的结论。
截至目前，PDT的治愈率或副作用与其他更简单、更便宜的局部治疗相比，并无特别优势。常见副作用包括疼痛、烧灼、瘙痒、局部麻木、肿胀及红斑，大多为轻中度，可接受，约 17％的患者出现重度或不可忍受的疼痛。
不过，对于难治性病毒疣，PDT可能是一种备选方案，对此需要进一步的研究。
强脉冲光与激光治疗
有限的证据表明，强脉冲光效果不佳，并不优于其他简单而便宜的局部治疗。
多项RCT显示，脉冲染料激光或为有效的治疗方案，不过有效性似乎并不优于传统的冷冻治疗。其他的激光治疗（调Q激光、CO2激光等）似乎比冷冻治疗更有效，这仍需安慰剂对照的临床试验进一步证实。
临床上可考虑使用联合治疗，效果可能更显着。
副作用包括疼痛、红斑、肿胀、色素沉着、灼热、瘙痒、脱屑、结痂及瘢痕，不过大多为轻度、可耐受。
咪喹莫特
5％咪喹莫特乳膏主要批准用于尖锐湿疣，其治疗其他病毒疣并无良好疗效，可能原因是皮损表面多度角化，影响药物吸收。
另外，有限的证据显示，咪喹莫特联合水杨酸维A酸类药物可有效治疗病毒疣，对此需要高质量RCT进一步证实。副作用有刺激、偶发腐蚀。
维A酸类药物
1、外用维A酸类
缺乏高质量、安慰剂对照试验。一项研究显示，0.05％维A酸乳膏治疗扁平疣的清除率达85％，而对照组为32％。有限的证据表明，维A酸类药物联合α-2b干扰素软膏可有效治疗跖疣。同时维A酸类药物与α-2b干扰素软膏对比，疗效无显着差异。最常见副作用为红斑、瘙痒及脱屑，停药、减少频率或使用维生素 E乳膏可减轻。
2、口服维A酸类
通过减少表皮增殖，可能减少病毒疣的厚度。报道应用的药物有异维A酸及阿维A，这些药物可能暂时性缓解角化过度导致的疼痛或劳动力丧失，或有利于其他药物的作用。
扁平疣对药物治疗反应更好，异维A酸0.5mg/kg/d 治疗2月或低剂量阿维A治疗后可能达到清除。
干扰素
皮损内注射干扰素在上世纪70、80年代有较多报道，临床效果并不显着。全身治疗昂贵且易导致剂量相关性毒副作用，因此不推荐作为常规临床应用。
