去除眼睛周围的扁平疣的方法包括：
1. 物理疗法：如液氮冷冻、电离子灼烧、二氧化碳激光等，通过低温或热效应将局部疣体组织破坏或气化，从而去除扁平疣。但在治疗过程中要注意加强眼睛防护，避免激光或者冷冻伤及眼睛，在黏膜部位引起不良反应。
2. 药物治疗：可以在专业医师的指导下使用抗病毒药物（如干扰素、咪喹莫特霜、氟尿嘧啶软膏等）进行治疗，有时还可以配合维A酸类的药物（如维A酸软膏局部外用），也有一定的促进扁平疣消退的作用。
3. 中药治疗：患者可以在专业医师的指导下使用马齿苋汤、加味四物汤、白术苡仁汤等中药来祛除眼睛周围长的扁平疣。
需要注意的是，以上方法需要在医生的指导下进行，以免出现不良反应或并发症。同时，扁平疣是由人乳头瘤病毒感染所引起的常见病毒性皮肤病，好发于面部、手背等处，主要表现为局部有黄褐色或者淡黄色的扁平丘疹，因此在日常生活中要注意避免搔抓和摩擦，以免导致病毒的传播和扩散。
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